এই প্রকল্পে মোট বাজেটের ৬০ শতাংশ কেন্দ্রীয় সরকার দ্বারা অনুদান দেওয়া হয়, এবং ৪০ শতাংশ রাজ্য সরকার দ্বারা অনুদান দেওয়া হয়। কেন্দ্র প্রায় ছয় বছর ধরে এই প্রকল্পের অধীনে তার অংশ দেয়নি । এখনও পর্যন্ত রাজ্য সরকার এই প্রকল্পের অধীনে মাদ্রাসা শিক্ষকদের তাঁদের নির্দিষ্ট বেতনের অতিরিক্ত অর্থ দিচ্ছিল। তবে সম্প্রতি তা বন্ধ হয়েছে। জাভেদ চিঠিতে জানিয়েছেন, সংখ্যালঘু বিষয়ক মন্ত্রী ১৭ অকেটোবর ২০২৩-এ একটি আদেশে বলেচিল মাদ্রাসা আধুনিকীকরণ প্রকল্পটি শুধুমাত্র ২০২১-২২ আর্থিক বছর পর্যন্ত অনুমোদিত।